Дмитрий Мелешко: «Не столь важно то, как много растительной пищи вы едите, как то, насколько разнообразен ваш рацион»

28-летний Дмитрий Мелешко, младший научный сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ, «засветился» наряду с известными учеными в крупном международном проекте American Gut. Но к достижению относится иронично: в исследовании изучалась микрофлора кишечника представителей разных стран, и хотя Дмитрий разбирался с «микрофлорой» в виде текстовых данных, за компьютером, выслушал уже не одну шутку. На биоинформатической международной конференции BiATA в СПбГУ Дмитрий выступал не только как сотрудник Университета, но и как аспирант Корнеллского университета в Нью-Йорке, входящего в Лигу плюща.

Дмитрий Мелешко: «Не столь важно то, как много растительной пищи вы едите, как то, насколько разнообразен ваш рацион» | ФОТО Веры МЕЛЕШКО

ФОТО Веры МЕЛЕШКО

— Дмитрий, если вкратце, в чем смысл этого нашумевшего проекта?

— Смысл был в том, что у огромного количества людей в разных странах брались образцы микрофлоры кишечника, сами люди отвечали на вопросы о питании, месте проживания, здоровье и т. д. И все это множество данных ученые пытались как-то осознать: что на что влияет, чем, допустим, отличаются микробиомы вегетарианца и мясоеда, жителя одной страны и жителя другой.

Если вкратце, не столь важно то, как много растительной пищи вы едите, как то, насколько разнообразен ваш рацион. Чем разнообразнее, тем лучше.

Этот проект — хорошее дело в плане популяризации науки: исследование привлекало внимание, участвовали тысячи добровольцев (добровольцы присылали в лаборатории свои, скажем так, анализы и получали в ответ результаты. — Ред.), а известность дает возможность получить финансирование на новые проекты. Но цель в конечном счете серьезная — персонализированная медицина: попытка составить «портрет» того, что можно считать здоровым, чтобы с этим эталоном сравнивать и к нему подводить.

Мой вклад в научную статью занял всего полстранички, я включился на самых поздних стадиях проекта. Просто когда уже готовая статья поступила рецензентам, они попросили добавить в нее анализ данных секвенирования на наличие определенного класса соединений, вырабатываемых некоторыми бактериями. И начальник нашей лаборатории Павел Певзнер (известный биоинформатик, руководитель Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ. — Ред.) мне предложил поработать над этой проблемой. Нужно было решить одну задачку из области метагеномной сборки, за которую никто раньше не брался.

— Метагеномная сборка — это...

— Ну вот есть геномная сборка, это когда мы короткие участки ДНК собираем в длинную последовательность. При этом нам необходимо множество идентичных клеток, но у человека получить их совсем просто, достаточно нескольких капель крови или чуть большего количества слюны.

С бактериями не так. Притом что их больше, чем любых других живых организмов, знаем мы про них очень мало. Дело в том, что, как правило, невозможно взять множество копий одной бактерии и изучить ее геном. Большинство бактерий не хотят размножаться отдельно от среды, одни бактерии зависят от других и т. д. Поэтому ученые придумали изучать геномы всего скопления микроорганизмов в том или ином образце. Такой «составной» геном называют метагеномом, а науку — метагеномикой.

У геномной сборки есть уже огромное количество применений. Та же персонализированная медицина: собрав геном пациента, больного раком, мы можем сказать, что одно лекарство может быть более эффективно, а другое не поможет вообще. А метагеномные методы хороши, если нужно определить, ну, скажем, насколько у человека здоров кишечный тракт, изучить его микрофлору, сказать, что не в порядке, и, возможно, дать таблетку с «хорошими» бактериями.

Это применяется пока немассово, но станет общей практикой через несколько лет. Мы работали с Институтом экспериментальной медицины на Петроградской, в котором в том числе выясняют, какие бактерии лучше всего нормализуют микрофлору.

— Откуда взялась проблема устойчивости бактерий к антибиотикам?

— Да, есть такая мировая проблема, но на самом деле если принимать антибиотики правильно, вероятность того, что бактерия приобретет устойчивость, минимальна.

Трудность в том, что антибиотики употребляют неправильно. В Америке безрецептурного отпуска нет, в России — есть. Из личного опыта: когда я в США заболел ангиной, у меня взяли анализ, определили бактерию-возбудитель и выписали рецепт на лекарство, максимально эффективное против этой конкретной бактерии. Когда лекарство появилось в аптеке, я получил SMS, пришел и забрал его. Меня предупредили, что обязательно надо пропить весь курс, даже если станет легче раньше. В России люди сами назначают себе антибиотики. Не подействовало — меняют, подействовало — прерывают лечение, как только стало легче...

— Ученые, ведущие генные исследования, норовят изучить и себя. Вы что-нибудь этакое про себя узнали?

— Мой инструмент — компьютер, я не работаю в лаборатории, как ее обычно представляют, с пипетками и белыми халатами. Так что пока про себя мало что знаю. Я жене подарил такой наборчик для генетического тестирования, это уже во всем мире в моду вошло: заказываете, вам приходит пробирка с жидкостью, в которой ДНК некоторое время может храниться, плюете туда пару раз, запечатываете, отправляете по адресу лаборатории. И потом на сайте читаете, что там получилось.

Но это, скорее, развлечение: сколько в вас африканских кровей, сколько европейских, и, допустим, свойственно ли вам чихать, если вы посмотрите на свет. Можно получить рекомендации по питанию и режиму тренировок.

— Вы изначально программист. Трудно ли было освоиться и в биологии?

— О, это долгая история. Я учился в Хабаровске на факультете информационной безопасности, но обучение касалось в основном не высоких технологий, как обещалось, а рутинных бумажных процессов. В магистратуру поступил в Петербурге, уже на биоинформатику, в Академический университет, там у нас были курсы по биологии. А после пошел работать в СПбГУ в лабораторию Павла Певзнера, которая переехала сюда из Академического университета. В этот момент началась моя исследовательская карьера, которая без Академического университета была бы невозможна.

Знать биологию на уровне профессиональных биологов, наверное, уже не получится, да и не нужно, достаточно обладать знаниями только в определенной области и уметь описать биологическую проблему математическим языком. Это в целом и позволяет мне решать довольно сложные задачи довольно простыми способами.

— Как оказались в США?

— Я считаю, что иногда стоит менять место работы, чтобы не закиснуть. Когда еще учился в Академическом университете, была идея поступать в аспирантуру в Америке. Мой научный руководитель в магистратуре советовал топовые американские университеты, где мои способности могли бы пригодиться. В конечном счете я выбирал из двух мест: Калифорнийский университет в Дэйвисе, лучшая ветеринарная школа мира, и медицинская школа Корнеллского университета. Меня брали в оба, я выбрал Корнелл. Для меня в том числе было важно, что в Нью-Йорке жить с семьей все-таки легче и интереснее, всегда есть чем заняться и никто не успевает заскучать.

— Над чем работаете там?

— Занимаюсь поиском так называемых структурных вариаций. Задача выглядит так: вот есть геном А, есть результаты секвенирования генома Б (например, больного человека), и нужно понять, чем первый геном отличается от второго. Такие задачи решают давно, но появляются способы делать это эффективнее и точнее.

— Разница в работе в России и США: все на нашу бюрократию жалуются...

— В плане работы в США есть несколько плюсов — программисты и врачи работают практически в одном здании и разработки внедряются гораздо быстрее.

В плане бюрократии большой разницы, наверное, нет. В СПбГУ мы работаем по мегагранту, а написать один большой отчет по одному гранту, наверное, даже проще, чем десять отчетов по десяти небольшим грантам, как происходит у нас в лаборатории в США. В любом случае ни здесь, ни там на нас, аспирантах, эта бумажная работа сильно не сказывается, мы практически все рабочее время посвящаем исследованиям. При этом в Америке начальник лаборатории, наверное, 50% своего времени тратит на написание заявок и отчетов по грантам.

Вообще же бюрократии в США больше, если говорить просто про жизнь. Вспомнить хотя бы подачу документов в налоговую: миллион форм.

— Какие планы?

— За три-четыре года в США я планирую получить степень PhD, потом... Еще не знаю. Я не шибко привязан к определенному месту и не против того, чтобы пожить-поработать в других странах, но надо принимать во внимание множество факторов: чем занимается потенциальная лаборатория, нравится ли страна. Мне разве что во Франции не понравилось: люди (я имею в виду не ученых, а просто) формальные, неприветливые. Хотя, казалось бы, россияне считаются хмурыми и грубоватыми, но нам все-таки есть дело до других. А в США люди, как в России. Просто то, что мы делаем с недовольным лицом и ругаясь, они делают с улыбкой.

#спбгу #наука #интервью

Материал опубликован в газете «Санкт-Петербургские ведомости» № 172 (6271) от 18.09.2018 под заголовком «Биология в переводе на математику».


Комментарии



Загрузка...

Самое читаемое

#
#
Линия жизни. Как появилась традиция отмечать День железнодорожника
02 Августа 2019

Линия жизни. Как появилась традиция отмечать День железнодорожника

В первое воскресенье августа железнодорожники традиционно отмечают профессиональный праздник.

Продается вид изнутри. Почему нельзя было строить «дом с бантиком» на Мойке
26 Июля 2019

Продается вид изнутри. Почему нельзя было строить «дом с бантиком» на Мойке

Восторг по поводу новой «элитки» в центре города разделяют не все.

Трех мальчиков и одну девочку родила 37-летняя петербурженка
23 Июля 2019

Трех мальчиков и одну девочку родила 37-летняя петербурженка

Четверня появилась на свет в перинатальном центре Петербургского педиатрического университета.

Дизайнерскую карту метро Петербурга опубликовали в Сети
23 Июля 2019

Дизайнерскую карту метро Петербурга опубликовали в Сети

Линии подземки на новой схеме изображены по-другому.

Беглов назвал самый быстрый способ получить квартиру в Петербурге
22 Июля 2019

Беглов назвал самый быстрый способ получить квартиру в Петербурге

На встрече с жителями Калининского района глава города рассказал о секрете обретения квадратных метров.

И летчику камуфляж пригодится. Экипажи ЗВО переодевают в форму нового образца
12 Июля 2019

И летчику камуфляж пригодится. Экипажи ЗВО переодевают в форму нового образца

Летный комбинезон выполнен по новым технологиям с использованием специальных материалов и пропитки.

Дорога жизни на Индустриальном. Как в Петербурге восстанавливают технику времен войны
01 Июля 2019

Дорога жизни на Индустриальном. Как в Петербурге восстанавливают технику времен войны

В Красногвардейском районе создается новый музей блокады и битвы за Ленинград.

Жулики с подменных номеров. Петербуржцев предупреждают о новом виде мошенничества
01 Июля 2019

Жулики с подменных номеров. Петербуржцев предупреждают о новом виде мошенничества

Отличить мошенника от настоящего сотрудника банка стало сложнее.

Дорогая клеточка. В Петербурге появилась «вафельная» разметка
21 Июня 2019

Дорогая клеточка. В Петербурге появилась «вафельная» разметка

Ее цель - заставить водителей заранее оценивать загруженность перекрестка.

Дома растут как грибы. Как на Пулковском шоссе строят Шампиньонный городок
19 Июня 2019

Дома растут как грибы. Как на Пулковском шоссе строят Шампиньонный городок

Здесь поселятся 5,5 тыс. человек, во дворе будут свои школа и детский сад.

На мокром месте. Эксперт - о болотах Петербурга
19 Июня 2019

На мокром месте. Эксперт - о болотах Петербурга

Раньше в районе 18-й - 20-й линий Васильевского острова пройти посуху было невозможно.

Треть пломбира в магазинах Петербурга оказалась подделкой
18 Июня 2019

Треть пломбира в магазинах Петербурга оказалась подделкой

Производители заменили сливочный жир в мороженом на растительный.